他出身于一个葡萄牙裔家族，该家族在阿尔茹巴罗塔战役（Battle of Aljubarrota）后流亡至托罗（Toro）。他们是追随被废黜的葡萄牙女王贝阿特丽丝（Beatrice）离开故土的，并在这一过程中失去了所有家产。一个世纪后，丰塞卡（Fonseca）家族在卡斯蒂利亚已跻身显赫地位，拥有大量地产、物业并担任要职。他的叔叔阿隆索·德·丰塞卡（Alonso de Fonseca）是恩里克四世（Henry IV）的首席顾问；他的兄弟安东尼奥（Antonio）曾作为皇家军队的上尉，效力于“天主教双王”（Catholic Monarchs）及查理一世（Charles I）；而他本人则担任过负责“西印度群岛”（Indies）事务的代表及外交官。
年轻时的胡安（Juan）曾在萨拉曼卡（Salamanca）求学，师从内布里哈（Nebrija）。他在埃尔南多·德·塔拉韦拉（Hernando de Talavera）的指导下接受了神职训练，并曾与后者在格拉纳达（Granada）共事。他历任塞维利亚（Seville）座堂主任牧师；巴达霍斯（Badajoz）、科尔多瓦（Córdoba）、帕伦西亚（Palencia）和布尔戈斯（Burgos）的主教；以及那不勒斯（Naples）罗萨诺（Rossano）的总主教。他不仅慷慨资助其管辖的座堂，还积极推动艺术与文学的发展。
作为外交官，他在促成鲁西永（Roussillon）和塞尔达尼亚（Cerdanya）归还阿拉贡（Aragon）的谈判、伊莎贝拉（Isabella）与费迪南德（Ferdinand）的联姻安排，以及与身处佛兰德斯（Flanders）的胡安娜（Joanna/Juana）的交涉中，都发挥了重要作用。
在1493年至1524年间，所有涉及美洲的事务均由他经手处理。他组织了哥伦布（Columbus）的三次航行以及1499年至1524年间的所有探险活动；他还与克里斯托瓦尔·德·阿罗（Cristóbal de Haro）联手，筹备了那支最终完成人类首次环球航行的船队。他是塞维利亚“贸易院”（*Casa de la Contratación*，1503年）和拉科鲁尼亚（A Coruña）“香料院”（*Casa de la Especiería*，1522–29年）建立背后的主要推动者。他曾反对埃尔南·科尔特斯（Hernán Cortés）那种意在自我扩张的行径。他构建了针对西印度群岛的行政管理体系，并安插其亲信担任要职，以维护王室在那里的利益。作为皇家委员会（Royal Council）成员，他在1524年促成了“西印度群岛委员会”（Council of the Indies）和“财政委员会”（Council of Finance）的设立。此外，他还推动制定了旨在确保以人道方式对待原住民的法律法规。
