Jean-Philippe Bettendorff est né le 25 août 1625 à Lintgen (Luxembourg). Après une éducation classique au Luxembourg, à Trèves (Allemagne), à Coni (Italie) et à Douai (France), il entra dans l'Ordre des Jésuites et fut affecté à une mission au Maranhão (Brésil) en 1659. Après son arrivée en 1661, il fonda la première mission jésuite permanente en Amazonie, Aldeia dos Tapajós, aujourd'hui la grande ville brésilienne de Santarém. Il fut ensuite mêlé à un conflit entre les Jésuites et les colons, opposés aux mesures visant à protéger la population indigène. De 1662 à 1693, il fut presque sans interruption recteur des collèges jésuites et chef de la mission du Maranhão.
De 1684 à 1688, Bettendorff travailla comme avocat à la cour royale de Lisbonne, où il joua un rôle actif dans la défense des droits des peuples autochtones, ce qui conduisit à l'adoption du Regimento das Missões (1686), une loi qui assura la protection des peuples autochtones du Brésil jusqu'au XIXe siècle.
Outre son travail missionnaire, Bettendorff s'impliqua dans la promotion économique (notamment en introduisant la culture du cacao) et dans la diffusion du style baroque par ses activités artistiques. Il s'adonna également à l'ethnographie et fut le premier Européen à découvrir le guarana. Il rédigea un catéchisme pour les peuples autochtones, fonda des confréries et des pèlerinages, et rédigea une importante chronique sur la mission. Bettendorff mourut le 5 août 1698 à Belém (Brésil).
