Jean-Philippe Bettendorff nacque il 25 agosto 1625 a Lintgen (Lussemburgo). Dopo aver ricevuto un'istruzione classica a Lussemburgo, Treviri (Germania), Cuneo (Italia) e Douai (Francia), entrò nell'Ordine dei Gesuiti e fu assegnato a una missione nel Maranhão (Brasile) nel 1659. Dopo il suo arrivo nel 1661, fondò la prima missione gesuita permanente in Amazzonia, Aldeia dos Tapajós, oggi Santarém, la principale città brasiliana. In seguito, si trovò coinvolto in un conflitto tra i gesuiti e i coloni, che si opponevano alle misure volte a proteggere la popolazione indigena. Dal 1662 al 1693, servì quasi ininterrottamente come rettore di collegi gesuiti e come capo della missione nel Maranhão.
Dal 1684 al 1688, Bettendorff lavorò come avvocato presso la corte reale di Lisbona, dove svolse un ruolo attivo nella difesa dei diritti delle popolazioni indigene, che portò all'approvazione del Regimento das Missões (1686), una legge che garantì la protezione delle popolazioni indigene in Brasile fino al XIX secolo.
Oltre al suo lavoro missionario, Bettendorff si dedicò alla promozione dell'economia (ad esempio, introducendo la coltivazione del cacao), oltre a diffondere lo stile barocco attraverso le sue opere artistiche. Fu attivo anche nel campo dell'etnografia e fu il primo europeo a scoprire la pianta di guaraná. Scrisse un catechismo per le popolazioni indigene, fondò confraternite e pellegrinaggi e scrisse un'importante cronaca sulla missione. Bettendorff morì il 5 agosto 1698 a Belém (Brasile).
