萨格勒布动物园于1925年6月27日在如今第一马克西米尔湖的第一个岛屿上成立，随着时间的推移，它不断发展壮大。近年来，它经历了一次彻底的变革。许多人说，对于一位百岁老人来说，它依然充满活力，不断追求创新和卓越。
动物园最初只有三只狐狸和三只猫头鹰，由集邮家米约·普尔·菲利波维奇（Mijo pl. FIlipović）创立。不久之后，动物园规模扩大，游客可以看到各种各样的动物，包括第一批非洲狮和传奇狒狒什特费克（Štefek）。标志性的狮子桥建于1930年，一年后又建起了一座猴舍，第一头大象迈索尔（Mysore）也于同年抵达。20世纪90年代，动物园开始了现代化和彻底的改造。萨格勒布动物园的标志性举措包括新建围栏、用干壕和水壕取代铁栅栏、引进新物种以及引入新的游客景点。这些进步促使动物园于1997年加入了享有盛誉且极具影响力的欧洲动物园和水族馆协会（EAZA）。
如今，萨格勒布动物园已成为一家现代化机构，积极保护濒危物种及其栖息地，向游客和公众提供科普教育，并开展科学研究项目。动物园以自豪感和强烈的责任感，关爱着几乎各大洲的濒危动物，就像关爱当地城市的生物多样性一样。游客每天都可以探索近400个不同物种、数千只动物。通过众多教育项目和活动，游客可以深入了解动物的生活及其在生态系统中的作用。
每年，近50万来自克罗地亚和世界各地的自然爱好者参观动物园。其各个领域的专家积极参与EAZA的工作并领导具体活动，为保护全球生物多样性和地球的未来做出贡献。
