Vor den türkischen Eroberungen hatte die Stadt Mostar mehrere römisch-katholische Kirchen. Die letzte wurde zusammen mit dem Kloster des heiligen Antonius von Padua im Jahr 1563 abgerissen. Es folge eine schwere Zeit der Verfolgung römisch-katholischer Kroaten in der Stadt. Nach mehr als drei Jahrhunderten der Verfolgung schenkte 1862 der türkische Zar Abdul-Assiz auf Bitte von Bischof Bruder Rafo Barišić und Fürsprache seines Freundes, des berühmten Omer-Pascha Latas, den Garten von Ali-Pascha Rizvanbegović in Zahum, an der Mündung des Flusses Radoblja, um dort eine katholische Kirche zu bauen.
Mit der Grundsteinlegung der Kirche des heiligen Petrus und Paulus am 7. März 1866 begannen die Bauarbeiten, die sechs Jahre dauerten. Der italienische Franziskaner Matteo Lorenzoni ist der Architekt. Über dem Hauptportal und unter der großen Rosette steht geschrieben:
DIESE KIRCHE STEHT ERRICHTET FÜR DEN ALLMÄCHTIGEN SCHÖPFER UND DIE HEILIGEN PETRUS UND PAULUS; DER GROꞵMÜTIGE SULTAN IN ISTANBUL ÜBERGAB (UNS) EINEN BEHAGLICHEN PLATZ ZUR ERRICHTUNG; AUꞵERDEM EINE GROꞵE SUMME GELDES; DAS GLÄUBIGE VOLK HALF EIN WENIG… DIE ÜBRIGEN HOHEN AUSGABEN KAMEN AUS DEM AUSLAND DANK DER MÜHEN DER
FRANZISKANISCHEN BRÜDER UND IHRES VORSTEHERS DES BISCHOFS. Datum: 7. März 1866
Die Kirche überlebte den I. und II. Weltkrieg, in denen sie bombardiert. 1987 wurde sie von den Franziskanern nach authentischen Plänen restauriert. In der Nacht des 9. Mai 1992 wurde die Kirche von der JNA (Jugoslavenska narodna armija) niedergebrannt und zerstört. Schweren Herzens entfernten die Franziskaner die Ruinen der alten Kirche und bauten 1995 an ihrer Stelle eine Krypta, und eine neue Kirche nach dem Projekt des Architekten Davor Smoljan. Den Bau der Kirche und des 107,2 m hohen Glockenturms leitet der Guardian Bruder Ivan Ševo. Die heutige Kirche befindet sich noch im Bau und im Inneren wird sie mit Fresken und Mosaiken des weltberühmten Jesuitenkünstlers Pater Ivan Marko Rupnik bemalt. (Bruder Ante Marić)
