Jean-Philippe Bettendorff nació el 25 de agosto de 1625 en Lintgen (Luxemburgo). Tras recibir una educación clásica en Luxemburgo, Tréveris (Alemania), Cuneo (Italia) y Douai (Francia), se unió a la Orden de los Jesuitas y fue asignado a una misión en Maranhão (Brasil) en 1659. Tras su llegada en 1661, fundó la primera misión jesuita permanente en la Amazonia, Aldeia dos Tapajós, que hoy es la importante ciudad brasileña de Santarém. Posteriormente, se vio envuelto en un conflicto entre los jesuitas y los colonos, quienes se oponían a las medidas diseñadas para proteger a la población indígena. De 1662 a 1693, ejerció casi ininterrumpidamente como rector de colegios jesuitas y jefe de la misión en Maranhão. Entre 1684 y 1688, Bettendorff trabajó como abogado en la corte real de Lisboa, donde desempeñó un papel activo en la defensa de los derechos de los pueblos indígenas, lo que condujo a la aprobación del Regimento das Missões (1686), una ley que garantizó la protección de los pueblos indígenas en Brasil hasta el siglo XIX.
Además de su labor misionera, Bettendorff participó en el fomento de la economía (por ejemplo, introduciendo el cultivo del cacao), así como en la difusión del estilo barroco a través de sus proyectos artísticos. También se dedicó activamente a la etnografía y fue el primer europeo en descubrir la planta de guaraná. Escribió un catecismo para los indígenas, fundó cofradías y peregrinaciones, y escribió una importante crónica sobre la misión. Bettendorff falleció el 5 de agosto de 1698 en Belém (Brasil).