Avant les conquêtes turques, la ville de Mostar comptait plusieurs églises catholiques romaines. La dernière à avoir été démolie, ensemble avec le monastère, a été l'église Saint-Antoine de Padoue en 1563. Etait venu le moment pour une sévère persécution des Croates catholiques romains dans la ville. Après plus de trois siècles de persécution, en 1862, à la demande de l'évêque Fr. Rafa Barišić et sur intervention de son ami le célèbre Omer-Pacha Latas, l'empereur turc Abdul-Aziz a fait don du jardin d'Ali-Pacha Rizvanbegović à Zahum, à l'embouchure de la rivière Radobolja, pour construire une église catholique.
En posant la première pierre de l'église de St. Pierre et Paul le 7 mars 1866 débute la construction qui durera six ans. Le prêtre franciscain italien Matteo Lorenzoni en est l'architecte. Au-dessus du portail principal, et sous une grande rosace, est écrit:
AU DIEU CRÉATEUR TOUT-PUISSANT: CETTE ÉGLISE EST CONSTRUITE A SAINT PIERRE ET SAINT PAUL; LE SULTAN DE STAMBOL GENEREUSEMENT; FIT DON D'UN LIEU DE CONSTRUCTION AGREABLE; ET AVEC CELA, IL DONNA CINQUANTE CINQ SACS DE PIECES; LE PEUPLE AIDA UN PEU… LE RESTE DE L'AIDE VINT DE L'ÉTRANGER AVEC L'EFFORT DES FRÈRES FRANCISCAINS ET DE LA TÊTE SUPRÊME DE L'ÉVÊQUE. Ecrit le 7. mars 1866.
L'église a survécu à la I. et II. guerre mondiale au cours desquelles elle a été bombardée. En 1987, les prêtres franciscains l'ont restaurée selon les plans d’origine. Dans la nuit du 9 mai 1992, la JNA (Jugoslavenska narodna armija) et incendiée et détruite l'église. Les prêtres franciscains, le cœur lourd, ont debarassé les ruines de l'ancienne église et ont construit une crypte en 1995, et une nouvelle église conçue par l'architecte Davor Smoljan.
La construction de l'église et du clocher de 107,2 m de haut est dirigée par le gardien, le père Ivan Ševo. L'église est encore en construction et l'intérieur sont peintes des fresques et des mosaïques par l'artiste jésuite de renommée mondiale, le père Ivan Marko Rupnik.
(le pere franciscain Ante Marić)
