Жан-Филипп Беттендорф родился 25 августа 1625 года в Линтгене (Люксембург). Получив классическое образование в Люксембурге, Трире (Германия), Кунео (Италия) и Дуэ (Франция), он вступил в орден иезуитов и был направлен на миссию в Мараньян (Бразилия) в 1659 году. После прибытия в 1661 году он основал первую постоянную иезуитскую миссию на Амазонке, Алдея-дус-Тапажос, которая сейчас является крупным бразильским городом Сантарен. После этого он оказался втянутым в конфликт между иезуитами и колонистами, которые выступали против мер, направленных на защиту коренного населения. С 1662 по 1693 год он почти непрерывно служил ректором иезуитских колледжей и главой миссии в Мараньяне.
С 1684 по 1688 год Беттендорф работал адвокатом при королевском суде в Лиссабоне, где он играл активную роль в защите прав коренных народов, что привело к принятию Regimento das Missões (1686), закона, который обеспечивал защиту коренных народов в Бразилии до 19 века.
Помимо своей миссионерской работы, Беттендорф занимался развитием экономики (например, путем внедрения выращивания какао), а также распространением стиля барокко посредством своих художественных начинаний. Он также активно работал в области этнографии и был первым европейцем, открывшим растение гуарана. Он написал катехизис для коренных народов, основал братства и паломничества и написал важную хронику о миссии. Беттендорф умер 5 августа 1698 года в Белене (Бразилия).
